依據《山東醫藥企業協會章程》原則任務及協會目前工作的實際情況，本著精簡原則，協會常設辦事機構設置一室（辦公室）一部（信息咨詢服務部）。

辦公室兼秘書處：調研行業貫徹國家有關方針政策、醫藥產業政策以及藥品監管工作等情況，向政府主管部門，藥品監管部門以及藥品監管工作等情況，向政府主管部門、藥品監管部門和企業反饋；整理編輯協會簡報，通報協會工作進展情況；牽頭涉外工作、接待工作；協調、協助企業和企業、企業和政府之間有關的活動；組織籌備會員單位大會、理事會；安排會長、副會長有關會議和活動，并做好秘書工作。

信息和咨詢服務部：負責搜集、篩選綜合整理各類信息，及時研究分析行業、企業勢態與動態，為企業提供信息服務和咨詢服務；承擔主管部門交給的相關工作任務；結合企業意愿、要求制定相關課題，定期組織會員單位活動，促進促成企業之間的交流合作；協助企業處理經濟活動中的糾紛、訴訟及其它事宜，承辦新會員入會和會員登記等工作。